1541 yılında Şereflikoçhisar’da doğdu. Çocukluğunu geçirdiği Sivrihisar’da ilk tahsiline başladı. Daha sonra İstanbul’a giderek Küçük Ayasofya Medresesi’ne girdi. Medrese tahsilini tamamladıktan sonra hocası Nâzırzâde Ramazan Efendi’nin muîdi oldu. Talebelik ve muîdlik yıllarında bir yandan da Halvetiyye tarikatına mensup Küçük Ayasofya Camii şeyhi Nûreddinzâde Muslihuddin Efendi’nin sohbetlerine devam etti. Hocası Nâzırzâde Edirne Selimiye Medresesi’ne müderris, Mısır ve Şam’a kadı tayin edildiği yıllarda Hüdayî ’yi yanından ayırmadı.
1573’te Mısır’dan dönüşünde Bursa Ferhâdiye Medresesi’ne müderris ve Câmi-i Atîk Mahkemesi’ne nâib tayin edildi... Mihrimah Sultan’ın torunu Ayşe Sultan (ö. 1598) ile de evlendiği rivayet edilen Aziz Mahmud Hüdayî , Safer 1038’de (Ekim 1628) vefat etti. Altısı kız olmak üzere on bir çocuğu oldu ve nesli kızları Ümmügülsüm (ö. 1641), Zeyneb (ö. 1642) ve Fatma Zehrâ (ö. 1675) vasıtasıyla devam etti. Zaman zaman padişahların davetlisi olarak saraya gitti ve onlarla sohbetlerde bulundu. Evliya Çelebi, “yedi padişahın Hüdâyî’nin elini öptüğünü, 170 bin müride irâdet (el) verdiğini” belirtir.
Aziz Mahmud Hüdayî , yazdığı otuz kadar eseriyle Anadolu ve Balkanlar’daki dinî-tasavvufî hayat üzerinde derin tesirler bırakmıştır.